Koronawirus pokonany przez komputer?
Koronawirus to dziś temat numer jeden. I mimo że staramy się unikać trudnych tematów, to jednak pandemia paniki, jaka poprzez media dopadła wszystkich w związku z koronawirusem, powoduje, że i my siłą rzeczy obserwujemy wydarzenia z tym związane. Najnowsze doniesienia są bardzo ciekawe. Otóż Summit, najpotężniejszy komputer na świecie, o niewyobrażalnej mocy obliczeniowej, został zaangażowany do walki z tym wirusem.
Co to jest ten koronawirus?
Zacznijmy jednak od podstaw. „Koronawirus” to nazwa umowna, dlatego że koronawirusów jest wiele. Ten, z którego rozpowszechnianiem mamy do czynienia teraz, nazywa się SARS-Cov-2, a chorobę, jaką wywołuje, określa się jako COVID-2019.
Koronawirusy (łac. Coronavirinae) to wirusy, których nosicielami, w zależności od rodzaju, są ptaki i ssaki (w tym ludzie). Choroby, jakie wywołują, dotyczą układu oddechowego i w większości przypadków mają łagodny przebieg. Rzadko kończą się śmiercią.
Brak szczepionek i szybkość rozprzestrzeniania się wirusów powoduje, że stają się one przedmiotem obaw, a nawet strachu. Tak naprawdę jednak badania nad koronawirusami, do których zalicza się m.in. znany już wcześniej SARS, trwają od dziesięcioleci. Problemem w stworzeniu szczepionki przeciwko nim jest to, że trudno je wyhodować w warunkach in vitro, co ułatwiłoby prace nad antidotum. I tutaj właśnie z pomocą przychodzi Summit.
Król komputerów walczy z wirusem
Superwydajny komputer, o potężnej mocy obliczeniowej, zlokalizowany w Oak Ridge National Laboratory w stanie Tennessee w USA, dostał niedawno zadanie specjalne. Miał wykonać ogromnie skomplikowane i złożone obliczenia oraz symulacje, które pomogą w opracowaniu szczepionki. O co dokładnie chodzi?
O charakterystyczne wypustki widoczne na powierzchni wirusa SARS-Cov-2, za pomocą których „oszukuje” on receptory komórek płucnych człowieka i przez to z łatwością w nie wnika, rozprzestrzeniając infekcję. Wspomniane wypustki to nic innego jak rodzaj białek, które zablokowane przez inne, odpowiednio spreparowane białka straciłyby działanie zakaźne.
Niestety, nie może to być pierwsze lepsze białko, tylko takie, którego kształt pozwoli na związanie z koronawirusem i zneutralizowanie go. Tyle że białka mogą przyjmować niemal nieskończoną liczbę kształtów. Celem Summit oraz naukowców, którzy czuwali nad całą misją, było opracowanie jak największej liczby modeli, które miałyby szansę – ze względu na swoją budowę – na takie właśnie działanie.
Summit w ciągu sekundy wykonuje obliczenia, na które zwykły komputer potrzebuje 10 dni, a człowiek… 6,3 mld lat!
Kiedy szczepionka?
Efektem zaangażowania Summita do walki z koronawirusem jest wypracowanie 77 modeli białek, które mają szansę związać się z SARS-Cov-2 i zneutralizować jego zakaźny charakter. Teraz liczba modeli będzie, w wyniku kolejnych obliczeń i symulacji, stopniowo zawężana, tak aby maksymalnie zbliżyć się do celu. Dalsze prace będą już prowadzić biotechnolodzy, którzy będą pracować nad szczepionką. Kiedy ona powstanie, trudno dziś orzec. Na pewno jednak dzięki takim maszynom możemy jesteśmy tego o wiele bliżsi niż naukowcy nawet 10 lat temu.
A tymczasem nie pozostaje nam nic innego, jak zachować spokój, dbać o higienę i podnosić odporność. Ogromna większość zakażonych przechodzi COVID-2019 łagodnie, a nawet bezobjawowo.
Anoda
